Minden autoklávozandó orvosbiológiai hulladékot először jóváhagyott és felcímkézett autoklávzsákba kell helyezni. Az éles eszközöket, például tűket és szikét sterilizálás előtt jóváhagyott, felcímkézett, éles tárgyakat tartalmazó edénybe kell helyezni. Ne helyezzen éles pipettákat vagy törött üveget a zacskóba. Ezt a hulladékot dobozokba vagy vödrökbe kell helyezni, és autoklávozni kell, vagy folyékony sterilizálószerrel, például 10%-os nátrium-hipoklorittal sterilizálni kell. Az autoklávban sterilizálandó orvosbiológiai hulladéknak rendelkeznie kell egy jelzővel, amely igazolja, hogy a hulladékot autoklávozták, mielőtt ártalmatlanítani lehetne. Sok autokláv zacskóban van egy jelző, amely az "AUTOCLAVED" feliratot jelzi, amikor a sterilizálási ciklus befejeződött. A dobozokra és hordókra indikátorokat kell felhelyezni, mielőtt autoklávoznák és a szemetesbe helyeznék. A potenciálisan fertőző hulladékot „biológiai veszély” címkével kell ellátni, és a tárolóedényre fel kell ragasztani a biológiai veszélyt jelentő címkét. Ha nem veszélyes anyagokat, mint például a kutatási állatokhoz szükséges anyagokat, táptalajokat és laboratóriumi eszközöket steril környezetben sterilizál, elegendő a jelölés nélküli sima tartály.
Indítás előtt körülbelül 50–100 ml vizet kell az autoklávzsákba helyezni, hogy elősegítse a gőzképződést a tasakban. Ha ez a víz természetesen jelen van a töltetben, nincs szükség további víz hozzáadására. Az autokláv zacskókat jól be kell csomagolni, hogy elkerüljük a kiömlést. Ha azonban a szalag túl szorosan van feltekerve, gőznyomás keletkezhet a zacskó belsejében, ami megrepedhet. Ne duplázd meg a szemeteszsákokat. Az autokláv zacskókat úgy tervezték, hogy gőzáteresztő legyen, de a dupla zacskó megakadályozza a gőz átáramlását a zsákon. Ne töltse túl a tasakot vagy az autoklávot, mert a gyenge gőzáramlás megzavarhatja a sterilizálási folyamatot. A legjobb, ha a zacskót nem közvetlenül az autoklávba helyezi. Ezeket rozsdamentes acél vagy polipropilén tálcákra kell helyezni.
Folyadékok autoklávozásakor ne töltse meg a tartályt 75%-nál jobban. Ez biztosítja, hogy a folyadéknak legyen helye kitágulni, ahogy felmelegszik. Mivel a gőz használatasterilizáljuka folyadékok problémásak lehetnek, a folyékony hulladék sterilizálásához lehetőleg vegyszereket érdemes használni. Ha a kutatók úgy döntenek, hogy gőzt használnak a folyadékok sterilizálására, akkor a folyadékot tartalmazó tartálynak ki kell bírnia az autokláv körülményeit. Boroszilikát üveg vagy polipropilén tartályok használhatók. Ügyeljen arra, hogy lazítsa meg a tartály fedelét, hogy a folyamat során nyomás növekedjen. Az autoklávozás során mindig helyezze a laza üvegedényeket és folyadéktartályokat a másodlagos tartályokba. Viseljen vastag, hőálló kesztyűt, védőszemüveget és gumikötényt, amikor folyadékot távolít el az autoklávból. Folyékony töltet esetén az autokláv légtelenítési ciklusát nagyon lassan kell beállítani. Így a folyadék 100 fok alá hűl le, így a nyomás csökkenésével nem forr fel. A futtatás befejezése után lassan nyissa ki az ajtót, és hátráljon vissza, amíg a gőz ki nem ürül.
